-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathDNAdatabase-def1-seq.fasta
134 lines (134 loc) · 7.05 KB
/
DNAdatabase-def1-seq.fasta
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
>201D_1|Chain A|INTRAMOLECULAR G-TETRAPLEX DNA|
GGGGTTTTGGGGTTTTGGGGTTTTGGGG
>186D_1|Chain A|DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')|
TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGG
>7ZEO_1|Chain A|DNA (5'-D(*(DG5)P*(BGM)P*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*AP*(DG3))-3')|synthetic construct (32630)
GGCTAGGGTGGGTGGGTCAG
>7X2Z_1|Chain A|G-quadruplex DNA MYT1L|Homo sapiens (9606)
AGGGAGAGGAGAGCTCTGGGTTGGGTGGG
>7OQT_1|Chain A|DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*TP*TP*AP*GP*G)-3')|Caenorhabditis elegans (6239)
GGCTTAGGCTTAGGCTTAGG
>7CV4_1|Chain A|DNA (26-MER)|Homo sapiens (9606)
GGGAGGGCGCGCCAGCGGGGTCGGGC
>7CV3_1|Chain A|PIM1 promoter, Form 1|Homo sapiens (9606)
GCGGGAGGGCGCGCCAGCGGGGTCGGG
>7CLS_1|Chain A|DNA (33-MER)|synthetic construct (32630)
TTGGATCTGAGAATCAGATGTGGGTGGGTGGGT
>6ZX6_1|Chain A|bcl2ex-oxoG19|Homo sapiens (9606)
CGGGCGCGGGAGGAAGGGGGCGGGA
>6ZL9_1|Chain A|DNA (35-MER)|synthetic construct (32630)
GATCAGTTTTACTGATCGGGTGGGTAGGGTGGGTA
>6ZL2_1|Chain A|DNA (36-MER)|synthetic construct (32630)
TGAGGGTGGGTAGGGTGGGCTAGTCATTTTGACTAG
>6SX3_1|Chain A|VK2|Homo sapiens (9606)
GGGAGCGAGGGAGCGAGGGAGCGAGGGAGCG
>6SUU_1|Chain A|KRAS32R G9T|Homo sapiens (9606)
AGGGCGGTTTGGGAAGAGGGAAGAGGGGGAGG
>6R9L_1|Chain A|DNA (25-MER)|Homo sapiens (9606)
GCGTGGGTCAGGGTGGGTGGGACGC
>6NEB_1|Chain A|DNA (27-MER)|Homo sapiens (9606)
TTGGGGAGGGTTTTAAGGGTGGGGAAT
>6JKN_1|Chain A|DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*(BGM)P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*(BGM)P*G)-3')|Homo sapiens (9606)
GGGTTAGGGTTAGGGTTAGGG
>6JCE_1|Chain A|29-mer DNA|synthetic construct (32630)
GGTTGGTGTGGTTGGTTGTGGTGGTGGTG
>6H1K_1|Chain A|DNA (28-MER)|Human immunodeficiency virus 1 (11676)
GGGAGGCGTGGCCTGGGCGGGACTGGGG
>6GH0_1|Chain A|DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*C)-3')|Homo sapiens (9606)
GGCGAGGAGGGGCGTGGCCGGC
>6FTU_1|Chains A, B, C, D, E, F, G[auth Z]|DNA (26-MER)|Dictyostelium discoideum (44689)
GGGGGAGGGGTACAGGGGTACAGGGG
>6FC9_1|Chain A|DNA (27-MER)|synthetic construct (32630)
GGTTGGCGCGAAGCATTCGCGGGTTGG
>5O4D_1|Chain A|DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*T)-3')|Human papillomavirus type 52 (10618)
GGGTAGGGCAGGGGACACAGGGT
>5MTA_1|Chain A|UpsB-Q-1, DNA (34-MER)|Plasmodium falciparum (5833)
CAGGGTTAAGGGTATAACTTTAGGGGTTAGGGTT
>5J05_1|Chain A|DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*G)-3')|synthetic construct (32630)
GGGTTTGGGTTTTGGGAGGG
>5I2V_1|Chain A|DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*A)-3')|Homo sapiens (9606)
AGGGCGGTGTGGGAATAGGGAA
>5DWW_1|Chains A, C, E, G|DNA (25-MER)|synthetic construct (32630)
GGGTGGGTGGGTTGGGTTAGCGTTA
>5EW1_3|Chain C[auth D]|HD22 (27mer)|Homo sapiens (9606)
TCCGTGGTAGGGCAGGTTGGGGTGAC
>2KPR_1|Chain A|5'-D(*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3'|
GGGTGGGGAAGGGGTGGGT
>2LXV_1|Chains A, B|5'-D(*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP|
GGGTGGGTTGGGTGGG
>5CMX_3|Chain C[auth A]|RE31|synthetic construct (32630)
GTGACGTAGGTTGGTGTGGTTGGGGCGTCAC
>2O3M_1|Chain A|5'-D(*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*G)-3'|Homo sapiens (9606)
AGGGAGGGCGCTGGGAGGAGGG
>2MS9_1|Chain A|DNA (28-MER)|synthetic (32630)
TGGTGGTGGTGGTTGTGGTGGTGGTGTT
>2N3M_1|Chain A|DNA_(28-MER)|synthetic (32630)
TGGTGGTGGTTGTTGTGGTGGTGGTGGT
>2KM3_1|Chain A|DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*G)-3')|null
AGGGCTAGGGCTAGGGCTAGGG
>2N60_1|Chain A|DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')|synthetic (32630)
TTGTGTGGGTGGGTGGGT
>2N21_2|Chain B|DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*T)-3')|synthetic construct (32630)
TTGGGTGGGTGGGTGGGT
>2M93_1|Chain A|32-MER DNA|
TTGGGTGGGCGCGAAGCATTCGCGGGGTGGGT
>2GKU_1|Chain A|Human telomere DNA|Homo sapiens (9606)
TTGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGA
>2MGN_1|Chain A|5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3'|
TGAGGGTGGTGAGGGTGGGGAAGG
>2N4Y_1|Chain A|DNA_(5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*TP*GP*GP*T)-3')|synthetic construct (32630)
CTGGGCGGGACTGGGGAGTGGT
>2KQG_1|Chain A|5'-D(*CP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3'|
CGGGCGGGCACGAGGGAGGGT
>2JPZ_1|Chain A|DNA (26-MER)|
TTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTT
>2MB3_1|Chain A|DNA_(5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*A)-3')|
TTGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGA
>2MB2_1|Chain A|DNA_(5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*T)-3')|
TTGGGGGGGGGGGGGGGT
>2M27_1|Chain A|DNA_(5'-D(*CP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*GP*T)-3')_|Homo sapiens (9606)
CGGGGCGGGCCTTGGGCGGGGT
>2M6V_1|Chain A|DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*G)-3')|
GGGTTGGGTTTTGGGTGGG
>5UA3_1|Chains A, B|DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*CP*T)-3')|Homo sapiens (9606)
GGGTTGCGGAGGGTGGGCCT
>5YEY_1|Chain A|DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3')|Homo sapiens (9606)
GGGTTAGGGTTAGGGTTTGGG
>2F8U_1|Chain A|5'-D(*GP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-3'|
GGGCGCGGGAGGAATTGGGCGGG-
>2LPW_1|Chain A|DNA (26-MER)|
AAGGGTGGGTGTAAGTGTGGGTGGGT
>2LOD_1|Chain A|DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*G)-3')|
GGGATGGGACACAGGGGACGGG
>2LEE_1|Chain A|DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*A)-3')|
TAGGGCGGGAGGGAGGGAA
>2LXQ_1|Chain A|DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*T)-3')|
TAGGGTGGGTTGGGTGGGGAAT
>5LQH_1|Chain A|DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*G)-3')|Homo sapiens (9606)
TAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGG
>2LD8_1|Chain A|Human Telomeric DNA|null
TAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGG
>2LBY_1|Chain A|DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')|
TAGGGAGGGTAGGGAGGGT
>2L88_1|Chain A|5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*GP*T)-3'|synthetic construct (32630)
GGGGCGGGGCGGGGCGGGGT
>2JSL_1|Chain A|HUMAN TELOMERE DNA|
TAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTT
>5Z8F_1|Chains A, B|G-quadruplex DNA (26-MER)|Homo sapiens (9606)
AAAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGAA
>1Y8D_1|Chains A, B|5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3'|null
GGGGTGGGAGGAGGGT--------
>1XAV_1|Chain A|5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3'|null
TGAGGGTGGGTAGGGTGGGTAA
>1OZ8_1|Chain A|5'-D(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3'|
GGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGA
>1MYQ_1|Chains A, B|5'-D(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3'|
GGAGGAGGAGGA------------
>1KF1_1|Chain A|5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3|null
AGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGG--
>1JJP_1|Chains A, B|5'-D(*GP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*T)-3'|null
GGGAGGTTTGGGAT----------
>1I34_1|Chain A|5'-D(*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*T)-3'|
GGTTTTGGCAGGGTTTTGGT----
>1C32_1|Chain A|DNA (5'-D(*GP*GP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*G)-3')|
GGTTGGTGTGGTTGG---------